南京新中醫(yī)學研究院是集醫(yī)、教、研于一體，針對祖國傳統(tǒng)中醫(yī)學的開發(fā)、研究和推廣臨床進展教育的單位。中華醫(yī)藥科學院南京新中醫(yī)學研究院薈萃了以教授、主任醫(yī)師和年輕的醫(yī)學博士、碩士為主，在國內(nèi)醫(yī)療界某些專業(yè)領(lǐng)域堪稱的專家隊伍，開展針刀醫(yī)學及多種特色醫(yī)療新技術(shù)的研究和推廣，并受國家中醫(yī)藥管理局、中華中醫(yī)藥學會、中國保健協(xié)會、人力資源和社會保障部中國就業(yè)培訓技術(shù)指導中心委托開展CETTIC職業(yè)技能培訓鑒定，在南京和其他地方建立了穩(wěn)定的教學基地和進修實習基地。

中華醫(yī)藥科學院、南京新中醫(yī)學研究院現(xiàn)任院長由原中華中醫(yī)藥學會針刀醫(yī)學分會常務(wù)副秘書長兼辦公室主任、中國中醫(yī)研究院長城醫(yī)院對外辦公室主任、中國中醫(yī)研究院針刀醫(yī)學培訓中心臨床教學部主任王自平擔任院長。本院繼續(xù)堅持正確的辦學方針和不斷創(chuàng)新的教學方法，充分發(fā)揮長期以來形成的師資力量、辦學條件、教學環(huán)境的優(yōu)勢，以高度的責任感精心組織、嚴格管理、熱情服務(wù)，取得了良好的教學效果。本院培訓以其選題準確、實用、辦學效果卓著業(yè)已在全國成人醫(yī)療教育界享有一定聲譽。學院宗旨：講出新東西，教會真本事。