親子鑒定不可以直接鑒定隔代親緣關系，但可以通過親緣鑒定來確定隔代親屬之間的親緣關系，比如祖孫關系。

親緣鑒定主要通過分析常染色體

STR 標記、Y 染色體遺傳標記或 X 染色體遺傳標記完成，具體選擇取決于親屬關系和檢測目的。如果是祖父和孫子的關系鑒定，可通過 Y 染色體

STR 分型進行鑒定，因為男性 Y 染色體呈父系穩(wěn)定遺傳，祖父、父親、孫子的 Y-STR

基因座高度一致，該方法適用于驗證父系血緣關系，檢測準確率可達 99.99%。如果是祖母和孫女的關系鑒定，則可通過 X 染色體 STR

分析或線粒體 DNA 檢測來確認關系。此外，通過分析常染色體上 15-20 個 STR

位點，計算祖孫間的親緣關系指數(shù)，也可以鑒定祖孫關系，該方法適用于所有性別組合，但檢測成本較高，且因基因重組可能降低匹配度。

隔代親緣關系鑒定的準確率通常比父母與子女的直接親子鑒定低，一般在 90%-99.9% 之間，且受檢測組合、技術方法及樣本質量等因素影響。