稅務(wù)代理的一般程序按其性質(zhì)大體可分為三個階段：即準備階段、實施階段、代理完成階段。

準備階段是納稅人、扣繳義務(wù)人向稅務(wù)代理機構(gòu)提出稅務(wù)代理時，稅務(wù)代理機構(gòu)要對要求代理方的有關(guān)情況進行調(diào)查，在此基礎(chǔ)上確定是否接受該項代理業(yè)務(wù)。雙方在充分協(xié)商取得一致意見后，簽定委托代理協(xié)議書，約定代理內(nèi)容、代理權(quán)限和代理期限。稅務(wù)代理機構(gòu)在受理某項代理業(yè)務(wù)后，應(yīng)確定稅務(wù)代理風險，編制稅務(wù)代理計劃、安排實施代理工作。

實施階段是稅務(wù)代理全過程的中心環(huán)節(jié)，其工作是按照代理計劃，根據(jù)委托代理協(xié)議書約定的代理事項、權(quán)限、期限開展工作。

代理完成階段是實質(zhì)性的代理業(yè)務(wù)結(jié)束，此階段的工作主要是整理代理業(yè)務(wù)工作底稿，編制有關(guān)表格，并將有關(guān)資料存檔備查。