二者材料不同，原子章的材料已經過印油浸過，用時不用沾印泥，橡皮章是橡膠的用時要沾印泥。

原子章有蓋，不用印泥攜帶方便，油干后可買原子油自己涂抹加油。

原子印章亦稱萬次印章，屬于現代高科技產品。它字跡清晰，印油均勻、鮮艷；防偽性強，不易為一般工具制做；印章印油混為一體，使用方便，蓋印迅速快捷，故被列為我國推廣使用新產品，許多省市政府都行文規(guī)定各機關、團體、工廠、企業(yè)必須統(tǒng)一使用原子印章。原子印章和普通印章的區(qū)別在于：它的印油一次性注好就可以反復用好多次,而普通印章可就要時刻用印泥。但是原子印章用久了會嚴重變形而導致銀行審核票據時無法核對真?zhèn)?。因此不能做為銀行預留章使用。