控制結垢有溶解、消除結垢和除垢兩種方法，前者是通過對液體的預處理消除結垢，后者是對已經產生的結垢進行清除。 普通的除垢方法分化學方法和物理方法。 化學除垢處理是采用化學藥劑使太陽能熱水器系統(tǒng)中的真空管、管道和其他設備中的水垢溶解、疏松、脫落、具體的方法有堿洗耳恭聽、酸洗、絡合劑清洗、離子交換劑軟化等。

真空管內的水垢會影響加熱效率，水垢越厚加熱越慢，所以會有太陽能熱水器使用時間越長，加熱越慢的現象。清洗以后水垢消除，加熱時間縮短，節(jié)省電費。水垢會占用水箱容積，水垢厚了，能儲存的熱水量就少了。去除水垢，水箱的熱水儲存量就能越來越多。

變頻共振除垢法：變頻除垢器能自動產生一種變頻化的電信號，作用于太陽熱水器系統(tǒng)的進水管上，引起管道內水分子產生共振，使氫鍵結合的水分子團變成單個的極性分子，因而提高水的活性。極微小的水分子可以滲透、包圍、溶解、去除熱水器系統(tǒng)內的老垢，同時使懸浮在水中的鈣離子和碳酸根離子相互碰撞，形成其表面無電荷的紋石碳酸鈣晶體，不能吸附在管道上，從而達到除垢、防垢的目的。

聲學除垢法：聲學除垢技術是在太陽能熱水系統(tǒng)的設備內部激發(fā)和維持聲頻震蕩，同時將聲波傳遞給水介質進行除垢。超聲波（1200～2500HZ）能使管道及設備的舊積垢逐漸剝落，并使硬度鹽在水中結晶、并生成無粘性的粉末沉淀。